Em 25 de março de 1674, foi lavrada a escritura através da qual os oficiais da Câmara e o povo da Vila se comprometiam a construir o prédio para um convento que abrigaria os religiosos de São Francisco, da Ordem dos Frades Menores da Regular Observância provindos do Rio de Janeiro, sob a invocação de Santa Clara.
Os franciscanos viveram por mais de oitenta anos no Convento. Depois, sem a permissão de receber noviços, deixaram o Convento que ficou sem a presença religiosa por mais de cem anos. Em 5 de dezembro de 1868, extinguiu-se a primeira fase da história do Convento Santa Clara, desativado que foi pela Província Fluminense da Ordem Franciscana, à qual o mosteiro de Taubaté estava subordinado.
Outras atividades ocorreram no prédio após a saída dos franciscanos. Foi escola, Instituto de Agricultura e Liceu de Artes. Em 1842, o prédio do Convento foi parcialmente destruído por um incêndio. Reconstruído, em outubro de 1886, o Convento recebeu a visita do imperador Dom Pedro II.
Em 14 de abril de 1891, ratificado com escritura pública a 24 de abril de 1891, os novos religiosos ocuparam o Convento no dia 21 de janeiro de 1892.
O prédio passou por várias reformas em 1927 e 1967. Em 1986 , na parte remanescente da construção primitiva, a torre sineira, foi tombada pelo IPHAN. Frei Luís de Santiago, o primeiro guardião dos capuchinhos, entre os anos 1892 e 1894, fundou o Lar Escola Santa Verônica.
As primeiras fotografias do Convento Santa Clara datam de 1856. Clodomiro Amazonas começou sua carreira artística, aos 16 anos, restaurando telas e afrescos do Convento, em 1892. A tradição dos Figureiros de Taubaté teve início dentro do Convento Santa Clara, com Maria da Conceição Frutuoso Barbosa.
João Delgado de Escobar, em 1676, foi o primeiro taubateano a pedir, em testamento, para ser enterrado dentro da Igreja do Convento. Depois dele, José de Castilho, em 1684 e Bartolomeu da Cunha Gago, em 1685 também deixaram a mesma instrução em testamento.
Em 1757, frei Antonio de Sant’Anna Galvão, foi admitido no Convento Santa Clara. Em 1761, Antonio de Mello Freitas, o Bispo Rodovalho, também foi aceito na Ordem dos Franciscanos que moravam no Convento.
Muito bem acolhidos pelo povo taubateano, os frades prestaram valiosos serviços nas comunidades rurais e nas missões. Desde sua fundação, o Convento é um lugar de acolhida e celebração do Sacramento da Penitência e da Eucaristia. São 350 anos de história do Convento Santa Clara, 132 dos Capuchinhos em Taubaté e mais de 50 anos da tradicional Trezena de Santo Antonio.
Para comemorar a data, a Academia Valeparaibana de Letras e Artes fará realizar a palestra “350 anos do Convento Santa Clara – Um itinerário pelos documentos Históricos”, com a paleógrafa e pesquisadora Lia Carolina Prado Alves Mariotto no dia 9 de abril de 2024. No mesmo evento, os acadêmicos da AVLA farão exposição de arte alusiva ao tema e haverá apresentação da Orquestra de Câmara do Centro Cultural de Taubaté.
